Šias pareigas einantis valstybės tarnautojas vykdo šias funkcijas:

1. Įstaigos vadovo pavedimu atstovauja įstaigai santykiuose su kitomis įstaigomis, organizacijomis bei fiziniais asmenimis.
2. Konsultuoja su struktūrinio padalinio veikla susijusiais klausimais.
3. Priima su struktūrinio padalinio veikla susijusius sprendimus.
4. Rengia ir teikia pasiūlymus su struktūrinio padalinio veikla susijusiais klausimais.
5. Vadovauja struktūrinio padalinio veiklos vykdymui aktualios informacijos apdorojimui arba prireikus apdoroja struktūrinio padalinio veiklos vykdymui aktualią informaciją.
6. Vadovauja struktūrinio padalinio veiklų vykdymui arba prireikus vykdo struktūrinio padalinio veiklas.
7. Vadovauja su struktūrinio padalinio veikla susijusios informacijos rengimui ir teikimui arba prireikus rengia ir teikia su struktūrinio padalinio veikla susijusią informaciją.
8. Vadovauja su struktūrinio padalinio veikla susijusių dokumentų rengimui arba prireikus rengia su struktūrinio padalinio veikla susijusius dokumentus.
9. Valdo struktūrinio padalinio žmogiškuosius išteklius teisės aktų nustatyta tvarka.
10. Organizuoja Ministerijai priskirtų Veiksmų programos prioritetų planavimo procesus. Koordinuoja Ministerijos projektų, finansuojamų iš kitų, ne Ministerijos kompetencijos srityje esančių Veiksmų programų prioritetų, planavimo procesus.
11. Užtikrina veiksmingą Skyriaus vykdomų funkcijų valdymo ir kontrolės sistemą, inicijuoja vidaus tvarkos aprašų, kitų dokumentų rengimą.
12. Organizuoja vadovaujančiosios institucijos teikiamų teisės aktų projektų, susijusių su Skyriaus veikla, derinimą, prireikus inicijuoja pasiūlymus dėl šių teisės aktų tobulinimo.
13. Bendradarbiauja su ES struktūrinių fondų paramą administruojančiomis ir kitomis institucijomis Skyriaus veiklos klausimais.
14. Siekdamas tinkamo Veiksmų programos įgyvendinimo, dalyvauja formuojant ES struktūrinės paramos programų įgyvendinimo politiką. Teikia informaciją suinteresuotoms institucijoms ir asmenims Skyriaus funkcijose numatytais klausimais.
15. Vykdo kitus nenuolatinio pobūdžio su struktūrinio padalinio veikla susijusius pavedimus.