Trečiosios pakopos studijos vykdomos mokslo ir meno doktorantūroje. Mokslo doktorantūros paskirtis – rengti mokslininkus, kurie gebėtų savarankiškai atlikti mokslinių tyrimų ir eksperimentinės (socialinės, kultūrinės) plėtros darbus ir spręsti mokslo problemas. Disertaciją apgynusiems asmenims suteikiamas mokslo daktaro laipsnis. Doktorantūros teisę universitetams ir universitetams kartu su mokslinių tyrimų institutais, kuriuose atliekami mokslo kryptį atitinkantys aukšto lygio moksliniai tyrimai, suteikia švietimo ir mokslo ministras. Doktorantūros teisė suteikiama ir mokslo doktorantūra organizuojama Mokslo doktorantūros nuostatų nustatyta tvarka. Meno doktorantūros paskirtis – rengti tyrėjus menininkus, kurie gebėtų kurti, interpretuoti ir plėtoti meno praktika pagrįstus tyrimus. Meno projektą apgynusiems asmenims suteikiamas meno daktaro laipsnis. Meno doktorantūros teisę universitetui (universitetams) suteikia švietimo ir mokslo ministras. Doktorantūros teisė suteikiama ir meno doktorantūra organizuojama Meno doktorantūros nuostatų nustatyta tvarka. Institucijose vykdomų doktorantūrų kokybės ir efektyvumo vertinimą atlieka Lietuvos mokslo taryba.
Nuo 2007 m. Švietimo ir mokslo ministerija vykdo Mokslo premijų, skiriamų lietuvių kilmės mokslininkams ir Lietuvos Respublikos pilietybę turintiems mokslininkams, gyvenantiems užsienyje, konkursus.
Mokslo premijomis apdovanojami lietuvių kilmės mokslininkai už mokslinį bendradarbiavimą su Lietuvos mokslininkais ir verslo subjektais, aktyvų dalyvavimą mokslo programose ir projektuose, mokslo tiriamojoje veikloje, mokslines publikacijas (išleistas mokslo knygas, konferencijose perskaitytus mokslo pranešimus, straipsnius mokslo periodiniuose leidiniuose), mokslo patirties, pasiekimų sklaidą, mokslo ryšių tarp Lietuvos ir užsienio šalių plėtojimą, mokslinės, vadybinės, organizacinės patirties perdavimą ir kitus išskirtinius mokslinius pasiekimus.
Konkurso metu kviečiame užsienio šalių lietuvių bendruomenes, Lietuvos mokslo ir studijų institucijas teikti siūlymus dėl kandidatų mokslo premijoms gauti. Šalyse, kuriose lietuvių bendruomenių nėra, paraiškas premijai gauti gali teikti pavieniai mokslininkai savo iniciatyva.
Konkurse gali dalyvauti mokslo laipsnį ir (ar) pedagoginį vardą turintys Lietuvos Respublikos piliečiai ilgiau nei trejus metus nuolat gyvenantys užsienyje bei lietuvių kilmės asmenys pateikę krašto lietuvių bendruomenės išduotą lietuvių kilmę patvirtinantį pažymėjimą arba kitus Lietuvos Respublikos pilietybės įstatymo (Žin. 2002, Nr. 95-4087; 2006, Nr. 46-1645) 26 straipsnio 4 dalyje nurodytus lietuvių kilmę įrodančius dokumentus.
Lietuvos Respublikos mokslininkų valstybinių pensijų laikinasis įstatymas, priimtas 1994 m. gruodžio 22 d. (Nr. I-732), reglamentuoja mokslininkų valstybinių pensijų teikimą.
Teisę gauti mokslininkų valstybinę pensiją turi nuolat Lietuvos Respublikoje gyvenantys asmenys, kuriems įstatymų nustatyta tvarka Lietuvos Respublikoje yra suteiktas ar nostrifikuotas mokslo laipsnis arba pedagoginis mokslo vardas, suėjęs senatvės pensijos amžius arba yra pripažinti I ar II grupių invalidais, ir kurie turi ne mažesnį kaip 10 metų daktaro ar habilituoto daktaro darbo stažą.
Taip pat mokslininko valstybinę pensiją turi teisę gauti ir Lietuvos Respublikos pilietybę turintys politiniai kaliniai ir tremtiniai, kuriems atkurtos visos pilietinės teisės.
Valstybinių mokslo ir studijų institucijų, kuriose mokslininko darbas įskaitomas į daktaro ar habilituoto daktaro stažą, sąrašai: